Špeciálna základná škola v Novom Meste nad Váhom vznikla 24. septembra 1962 pod názvom Osobitná škola, za účelom vzdelávania žiakov s mentálnym postihnutím.

Školu začalo navštevovať 25 žiakov 1. - 5. ročníka. Žiaci boli zaradení do dvoch tried , ktoré boli umiestnené v dvoch prízemných miestnostiach na Strechayovom námestí (terajšie Námestie Slobody). Riaditeľkou školy bola Alžbeta Krížová. Zariadenie a učebné pomôcky poskytla Osobitná škola internátna z Trenčína a novomestské základné školy. Žiaci po ukončení 5. ročníka pokračovali ďalej v základnom vzdelávaní v Osobitnej škole internátnej v Trenčíne, kde absolvovali 6. - 9. ročník.

Vzhľadom na pribúdajúci počet žiakov v školskom roku 1967/68 bola otvorená ďalšia trieda. Od septembra 1971 bola riaditeľkou školy Božena Hanušová. Počet žiakov školy bol v tomto období 36 - 43 a priestorové podmienky začali byť nevyhovujúce. Nové priestory škola získala až v školskom roku 1977/1978, kedy sa 1. novembra 1977 presťahovala do zrenovovaných priestorov malotriednej ZDŠ na Tehelnú ulicu. Budova školy bola priestrannejšia, svetlejšia so školským dvorom a záhradou.

V školskom roku 1981/1982 sa riaditeľkou školy stala Oľga Nemcová. Po odchode do dôchodku v roku 1987 ju vystriedala PaeDr. Jarmila Škodová a od 1.novembra 1991 bola riaditeľkou školy Mgr. Elena Harušťáková.

Vzhľadom na stúpajúci počet žiakov zo Starej Turej a blízkeho okolia bolo od septembra 1994 zriadené elokované pracovisko v Starej Turej. Vyučovací proces prebiehal pod vedením dvoch učiteliek a jednej vychovávateľky školskej družiny. Pracovisko bolo riadené riaditeľkou Osobitnej školy v Novom Meste nad Váhom. Prevádzkované bolo do júna 2004, kedy pre nedostatočný počet žiakov bolo zrušené.

V školskom roku 1997/1998 žiaci 7. ročníka pokračovali vo vzdelávaní v našej škole a tak postupne sme začali vytvárať plne organizovanú školu so všetkými ročníkmi.

1. apríla 1999 získala škola právnu subjektivitu.

Od 1. septembra 2000 sa zmenil názov školy na Špeciálna základná škola. Tak sa dlho polemizovaná otázka o zmene názvu školy stala skutočnosťou.

V júni 2002 sme získali nové priestory na ul. J. Kollára 3 v Novom Meste nad Váhom. Po vnútornej rekonštrukcii sme získali viac priestoru v ktorom sa nachádza 9 tried, telocvičňa, dielňa, počítačová trieda, cvičná kuchyňa na pracovné vyučovanie, jedáleň a výdajňa stravy, zborovňa a vôbec všetko čo k priestorom školy patrí.

Od 1. februára 2010 nastúpila na miesto riaditeľky školy Mgr. Zuzana Baierová a od 1. februára 2015 Mgr. Ľubica Havranová.

V školskom roku 2014/2015 navštevovalo školu 45 žiakov, ktorí sa vzdelávali v ôsmych triedach podľa učebných osnov A,B,C variantu, jednu z tried navštevovali deti s autizmom a v ŠKD je bolo zapísaných 8 žiakov.

V školskom roku 2015/2016 navštevuje školu 50 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v siedmych triedach podľa učebných osnov A,B,C variantu, jednu z tried navštevujú žiaci s autizmom.

K 1. septembru 2015 bola pri Špeciálnej základnej škole zriadená Praktická škola. V praktickej škole sa vzdeláva 10 žiakov v dvoch triedach.

V septembri 2016 spojením Špeciálnej základnej školy a Praktickej školy vznikol nový právny subjekt, Spojená škola Ul. J. Kollára 3, Nové Mesto nad Váhom. 

V školskom roku 2016/2017 Spojenú školu navštevuje spolu 56 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 7 tried Špeciálnej základnej školy, z toho je jedna autistická trieda a 2 triedy Praktickej školy a 1 trieda ŠKD. Pri škole pracuje aj OZ Slniečko pri Spojenej škole Nové Mesto nad Váhom.

Od roku 2017 má škola svoje logo.

V školskom roku 2017/2018 Spojenú školu navštevuje spolu 59 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 7 tried Špeciálnej základnej školy, z toho je jedna autistická trieda, 2 triedy Praktickej školy a 1 triedu ŠKD.

V školskom roku 2018/2019 Spojenú školu navštevuje spolu 56 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 7 tried Špeciálnej základnej školy, z toho je jedna autistická trieda, 2 triedy Praktickej školy a 1 triedu ŠKD.

V školskom roku 2019/2020 Spojenú školu navštevuje spolu 52 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 7 tried Špeciálnej základnej školy, z toho je jedna autistická trieda, 2 triedy Praktickej školy a 1 triedu ŠKD.

V školskom roku 2020/2021 Spojenú školu navštevuje spolu 60 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 7 tried Špeciálnej základnej školy, z toho je jedna autistická trieda, 2 triedy Praktickej školy a 1 triedu ŠKD.

V školskom roku 2021/2022 Spojenú školu navštevuje spolu 61 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 9 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom a žiakov v Praktickej škole. Žiaci navštevujú 9 tried Špeciálnej základnej školy, z toho sú dve autistické triedy, 1 triedu Praktickej školy a 1 triedu ŠKD.

V školskom roku 2022/2023 Spojenú školu navštevuje spolu 83 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 12 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom, žiakov v Praktickej škole a v Špeciálnej materskej škole. Žiaci navštevujú 9 tried Špeciálnej základnej školy, z toho sú dve autistické triedy, 1 triedu Praktickej školy, 1 triedu ŠKD a 2 triedy Špeciálnej materskej školy.

V školskom roku 2023/2024 Spojenú školu navštevuje spolu 89 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 13 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom, žiakov v Praktickej škole a v Špeciálnej materskej škole. Žiaci navštevujú 10 tried Špeciálnej základnej školy, z toho sú 2 autistické triedy, 1 triedu Praktickej školy, 1 triedu ŠKD a 2 triedy Špeciálnej materskej školy.

V školskom roku 2024/2025 Spojenú školu navštevuje spolu 83 žiakov, ktorí sa vzdelávajú v 13 triedach podľa učebných osnov A, B, C variantu, vzdelávania žiakov s autizmom, žiakov v Praktickej škole a v Špeciálnej materskej škole. Žiaci navštevujú 10 tried Špeciálnej základnej školy, z toho sú 3 autistické triedy, ďalej 1 triedu Praktickej školy, 2 triedy Špeciálnej materskej školy a 1 triedu ŠKD.